发布日期： 2024-10-22 20:44:37 来源：bb贝博官方平台
测序本钱的匠心独运使散弹枪宏基因组和扩增子测序得以广泛运用，这极大地提高了人类对微生物国际的了解。但是，大型测序项目现在仍然遭到文库制备本钱高和样本通量低的阻止。
依据长度、质量、数量和微生物群落对DNA提取成果进行了点评。一切土壤类型的DNA提取都很成功，进一步运用纳晋级移液系统I. DOTone将Illumina扩增子和宏基因组文库制备体积别离缩小了5倍和10倍，对调查到的微生物群落没有明显影响。经过这一些计划，DNA提取，宏基因组文库制备或扩增子文库制备耗时大约别离为3小时、5小时和6小时。此外，扩增子和宏碁因组文库制备的小型化将化学和塑料本钱从4.9美元匠心独运到3.6美元，从52.2美元匠心独运到7.3美元。
测序本钱的大幅度匠心独运使更多的研讨人员在他们的研讨范畴特别是在微生物生态学范畴运用下一代测序技能了解微生物栖息地的多样性。当时大型测序项目的本钱遭到实际操作时刻和样品制备本钱的约束。但是，运用液体处理程序和液滴分配技能的新的自动化或半自动化作业流程在削减上班时刻和缩小反响量方面很有发展前途——终究匠心独运本钱。
由于土壤样本的多样性，因而关于高通量DNA（HT）提取作业流程来说特别成问题。此外，由于过程难以自动化、耗时或包含有害于人体健康的物质，大多数惯例操作手法并不适用于高通量测序。虽然有几种商业的土壤特异性HT DNA提取试剂盒，但这些试剂盒尚未在不同的土壤类型上进行独立测验。作者选取了三种不同的DNA提取试剂盒做测验，提取DNA并提出了一个完好的高通量作业流程，从DNA提取到小型化Illumina扩增子或宏基因组文库。
顶部：实验设计。选用五种不同的土壤类型对三种不同的HT DNA提取办法来进行了基准测验。经过DNA提取的质量、数量、长度和调查群落特征来点评DNA提取作用。I. DOT one随后被用于小型化宏碁因组和扩增子。底部：从DNA提取到宏碁因组或扩增子的每一步的实际操作时刻、总时刻和本钱。时刻反映了一个96孔板的处理时刻，本钱为每个样品的核算。关于宏碁因组和扩增子，两个96孔板能够一起处理，只添加少数的总时刻。
(A)按土壤类型分面，在属水平上跨反映体积的群落剖面热图。(B) ASV的差异相对丰度图。(C) Hellinger转化相对丰度，PCA。过滤掉至少一个样品中相对丰度不超越0.1%的asv。
在属水平上，规范扩增子文库和小型化扩增子文库之间的群落概略类似(图2A)。在对规范计划和小型化计划之间的一切ASV进行差异丰度剖析时，发现共有19个ASV存在必定的差异丰度(图2B)。仅运用相对丰度高于0.1 %的ASV，不同文库制备计划所解说的方差占调查到的总方差的0.9%（PERMANOVA，p=0.03）（图3C）。
小型化计划有用地将扩增文库制备的化学和塑料本钱从4.9美元匠心独运到3.6美元。
(A)按土壤类型分面的属级反响体积群落剖面热图。(B)各属的差异丰度图(C) Hellinger转化相对丰度，PCA。在至少一个样品中相对丰度不超越0.1%的属被过滤掉。
在属水平上的相对丰度比较显现，不管土壤类型怎么，规范计划和小型化计划之间的剖面十分类似(图3A)。未曾发现判定的属在不同的计划之间差异丰厚(图3B)。仅运用相对丰度大于0.1%的属，差异能够由不同的文库制备计划解说占调查到的总方差的0.3% (PERMANOVA, p=0.21)(图3C)。
作为计划优化过程的一部分，测验了不同份额的样品纯化珠(SPB/IPB)以取得最佳片段巨细散布，由于小型化计划调查到片段向较短片段的改变。将Illumina DNA文库制备小型化10倍，将咱们制备宏基因组的化学和塑料本钱从52.2美元匠心独运到7.3美元。
DNA测序技能在土壤微生物学中的使用遭到试剂本钱和样本通量的约束，在本篇文章中咱们测验了三种DNA提取试剂盒，成果显现关于土壤中的DNA三种试剂盒都能有用提取出DNA且提取作用杰出。随后用I.DOT one来缩小宏基因组文库和扩增子文库的反响系统，这种办法使得系统制作变得更简略操作，节省机遇的一起也匠心独运了试剂的运用量，匠心独运了本钱。
特别声明：以上内容(如有图片或视频亦包含在内)为自媒体渠道“网易号”用户上传并发布，本渠道仅供给信息存储服务。
专心于为生物医药研制，制药工艺开发、出产制作等环节供给先进设备及耗材的高新技能企业。
聚集整本书阅览！吴欣歆教授携手昆明小语团队！我国教师报课改我国行（昆明）公益师训会来啦！
迪士尼硬刚苹果！Disney+/Hulu不再支撑App Store内购：想抽成门都没有
苹果 iPhone 16 Pro Max DXOMARK 前摄测验成果出炉：总分151，位列排行榜第 1 名